Publicación: Análisis integrativo de la variación genómica y fenotípica en subpoblaciones de Allium fistulosum L. del banco de germoplasma colombiano
Fecha
2026-05-04
Autores
Rendón Vélez, Sofía
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Editor
Universidad EAFIT
Resumen
Descripción
La caracterización de la variación intra-poblacional en cultivos clonales representa un reto analítico debido a la superposición entre señal genética, variación fenotípica y procesos evolutivos continuos. En este estudio se evaluó la estructura genética y su relación con la variación morfoagronómica entre dos subgrupos (V1 y V2) de Allium fistulosum pertenecientes al grupo P2 del banco de germoplasma colombiano. Se integraron datos fenotípicos y genómicos mediante un enfoque exploratorio basado en análisis multivariados y estimación de diferenciación alélica a partir de 104,251 SNPs obtenidos por ddRAD-seq. La diferenciación genética se cuantificó mediante ΔAF y su significancia se evaluó mediante un procedimiento de permutación que permitió construir una distribución nula empírica bajo la hipótesis de ausencia de diferenciación entre subgrupos. A nivel fenotípico, se observaron diferencias significativas en rasgos asociados al crecimiento y biomasa, aunque los análisis multivariados evidenciaron un amplio solapamiento entre V1 y V2, indicando una estructura continua. En contraste, el PCA genómico mostró una separación más consistente entre subgrupos, aunque distribuida en múltiples componentes de baja varianza explicada. El análisis de ΔAF evidenció una baja diferenciación genómica global, con predominio de valores inferiores a 0.30, junto con la presencia de un subconjunto de SNPs con valores elevados en distintas regiones del genoma. La integración genotipo–fenotipo mostró asociaciones de magnitud baja a moderada, sin evidencia de relaciones directas. En conjunto, los resultados describen patrones de diferenciación parcial, pero no permiten establecer conclusiones definitivas, resaltando la necesidad de análisis adicionales para interpretar la base biológica subyacente.
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dc.relation.uri
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