Examinando por Materia "Microbial ecology"

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    Foraminíferos de las formaciones Jimol y Castilletes (Cuenca de Cocinetas, Alta Guajira): taxonomía y significado paleoambiental
    (Universidad EAFIT, 2015) Delgado Sierra, Daniel; Martínez Rodríguez, José Ignacio
    Se determinó la sistemática paleontológica de 39 especies de foraminíferos bentónicos y 12 especies de foraminíferos planctónicos, encontrados en las Formaciones Jimol y Castilletes (Mioceno Temprano-Medio) de la Cuenca de Cocinetas en la Alta Guajira colombiana -- A partir de estas se identificaron, por medio de un análisis de agrupamiento, 14 asociaciones de foraminíferos a través de las unidades geológicas estudiadas. La microfauna planctónica encontrada se usó para datar las unidades en el Burdigaliano y en el Langhiano -- Para interpretar paleoambientalmente los datos: primero se compararon las asociaciones fósiles halladas con comunidades de foraminíferos de ambientes actuales del sur del Mar Caribe (Isla de Barú, Colombia) con el fin de encontrar análogos modernos -- Posteriormente, la morfología del genero bentónico Ammonia fue usada como paleoindicador de condiciones de paleosalinidad, mostrando que esta metodología es promisoria como herramienta para inferir ambientes salobres y distancia con respecto a la costa -- Por último, para cada asociación descubierta fue definido el número de géneros y especies, el índice de diversidad Alpha, la dominancia, el FoRAM Index, el Foraminiferal number, la proporción entre fauna infaunal/epifaunal, planctónica/bentónica y el género planctónico dominante en las muestras con recobro de fauna de este tipo -- Por medio de una síntesis de los resultados obtenidos a partir de las metodologías usadas se reconstruyeron, para la Formación Jimol, condiciones marinas marginales en su sección media que pasan a ambientes de plataforma, para luego volver a entornos proximales -- En la parte superior solo fueron encontradas muestras estériles -- Para la parte baja de la Formación Castilletes fueron sugeridas condiciones marinas marginales que pasan a ambientes de plataforma interna profunda, que luego en la sección media pasan nuevamente a condiciones marinas marginales -- En la parte superior no se encontraron muestras con recobro de microfauna -- La evidencia microfaunal de ambientes deltaicos apoya inferencias previas de condiciones más húmedas durante el Mioceno temprano-medio en la Cuenca de Cocinetas -- Paralelamente, para este mismo periodo de tiempo se sugieren periodos de surgencia oceánica a partir de la fauna planctónica encontrada. Finalmente se propone que existen superficies de inundación análogas a las presentes en las Formaciones Jimol y Castilletes en las Formaciones La Rosa y Querales de Venezuela
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    IMP: a pipeline for reproducible reference-independent integrated metagenomic and metatranscriptomic analyses
    (BioMed Central Ltd., 2016-12-16) Narayanasamy, S.; Jarosz, Y.; Muller, E.E.L.; Heintz-Buschart, A.; Herold, M.; Kaysen, A.; Laczny, C.C.; Pinel, N.; May, P.; Wilmes, P.; Universidad EAFIT. Departamento de Ciencias; Ciencias Biológicas y Bioprocesos (CIBIOP)
    Existing workflows for the analysis of multi-omic microbiome datasets are lab-specific and often result in sub-optimal data usage. Here we present IMP, a reproducible and modular pipeline for the integrated and reference-independent analysis of coupled metagenomic and metatranscriptomic data. IMP incorporates robust read preprocessing, iterative co-assembly, analyses of microbial community structure and function, automated binning, as well as genomic signature-based visualizations. The IMP-based data integration strategy enhances data usage, output volume, and output quality as demonstrated using relevant use-cases. Finally, IMP is encapsulated within a user-friendly implementation using Python and Docker. IMP is available at http://r3lab.uni.lu/web/imp/ (MIT license).
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    Reviewing microbial behaviors in ecosystems leading to a natural quorum quenching occurrence
    (INST TECNOLOGIA PARANA, 2017-01-01) Sierra Zapata, Laura; Romero Tabarez, Magally; Correa Alvarez, Javier; Villegas Escobar, Valeska; Universidad EAFIT. Departamento de Ciencias; Ciencias Biológicas y Bioprocesos (CIBIOP)
    Quorum sensing is considered one of the most important discoveries in cell-to-cell communication. Although revealed in Bacteria, it has been identified as well as a mechanism present in the other two domains, Eukaryota and Archaea. This phenomenon consists mainly of an exchange and sensing of "words" produced by each cell: chemical signals known as autoinducers. The process takes places at high cell densities and confined environments, triggering the expression of specific genes that manifest in a determined phenotype. Quorum sensing has a fundamental importance in the organisms' fitness in natural ecosystems since it activates many of the traits needed by cells to survive under specific conditions, and thus a wide variety of chemical signals, which are detailed throughout the review, have evolved in response to the needs of an organism in the ecosystem it inhabits. As a counterpart, derived from the natural occurrence of quorum sensing, comes it's antagonistic process named quorum quenching. Acting in the exact opposite way, quorum quenching interferes or degrades the autoinducers confusing and stopping communication, hence affecting transcriptional regulation and expression of a specific phenotype. The main reasons for stopping this mechanism go from fading their own signals when perceiving scarce nutrients conditions, to degrading competitors' signals to take advantage in the ecosystem. Some of the most studied purposes and means known up to date to be used by cells for making quorum quenching in their ecosystems is what will be discussed along this review, offering information for future works on quorum quencher molecules bioprospection.